В моём случае проблема была на ПК, переехавших с предыдущего KSC, где KES обновлялся с предыдущей версии. Если смотреть в установленные продукты, видно компонент 12.4 и предыдущий (11.16, к примеру). Точечный снос старых продуктов по ProductID помог.
До очистки, апдейт проходит с ошибкой Error_0x80020223:
@{DisplayName=Kaspersky Security Center Network Agent; DisplayVersion=15.0.0.12912; Comments=; HelpLink=https://support.kaspersky.com; InstallSource=; WindowsInstaller=; Publisher=Kaspersky; UninstallString=MsiExec.exe
/I{BCF4CF24-88AB-45E1-A6E6-40C8278A70C5} /l*v "C:\WINDOWS\Temp\$klnagent-uninstall.log" ; PSChildName=InstallWIX_{BCF4CF24-88AB-45E1-A6E6-40C8278A70C5}}
@{DisplayName=Kaspersky Endpoint Security for Windows; DisplayVersion=11.16.6.467; Comments=; HelpLink=; InstallSource=; WindowsInstaller=; Publisher=; UninstallString=; PSChildName={00000001-4A40-48BD-B393-BC3BF28C876E}}
@{DisplayName=Kaspersky Endpoint Security for Windows; DisplayVersion=11.16.6.467; Comments=; HelpLink=; InstallSource=; WindowsInstaller=; Publisher=; UninstallString=; PSChildName={27534751-4A40-48BD-B393-BC3BF28C876D}}
@{DisplayName=KasperskyEndpointSecurity для Windows; DisplayVersion=12.4.0.467; Comments=; HelpLink=https://click.kaspersky.com/?hl=ru&link=support&pid=kes&version=21.16.6.467; InstallSource=C:\ProgramData\Kaspersky
Lab\KES.21.15\Patches\kes11\kes11_16\aes256\ru\; WindowsInstaller=1; Publisher=АО "Лаборатория Касперского"; UninstallString=msiexec.exe /x {27534751-4A40-48BD-B393-BC3BF28C876E}; PSChildName={27534751-4A40-48BD-B393-BC3BF28C876E}}
@{DisplayName=Kaspersky Endpoint Security for Windows; DisplayVersion=11.16.6.467; Comments=; HelpLink=; InstallSource=; WindowsInstaller=; Publisher=; UninstallString=; PSChildName={27534751-4A40-48BD-B393-BC3BF28C876F}}
@{DisplayName=Kaspersky Security Center Network Agent; DisplayVersion=15.0.0.12912; Comments=; HelpLink=https://support.kaspersky.com; InstallSource=C:\WINDOWS\TEMP\KAVREM~1\7EE371~1\exec\; WindowsInstaller=1; Publisher=Kaspersky;
UninstallString=MsiExec.exe /X{BCF4CF24-88AB-45E1-A6E6-40C8278A70C5}; PSChildName={BCF4CF24-88AB-45E1-A6E6-40C8278A70C5}}
После очистки, апдейт без ошибок:
@{DisplayName=Kaspersky Security Center Network Agent; DisplayVersion=15.0.0.12912; Comments=; HelpLink=https://support.kaspersky.com; InstallSource=; WindowsInstaller=; Publisher=Kaspersky; UninstallString=MsiExec.exe
/I{BCF4CF24-88AB-45E1-A6E6-40C8278A70C5} /l*v "C:\WINDOWS\Temp\$klnagent-uninstall.log" ; PSChildName=InstallWIX_{BCF4CF24-88AB-45E1-A6E6-40C8278A70C5}}
@{DisplayName=KasperskyEndpointSecurity для Windows; DisplayVersion=12.4.0.467; Comments=; HelpLink=https://click.kaspersky.com/?hl=ru&link=support&pid=kes&version=21.16.6.467; InstallSource=C:\ProgramData\Kaspersky
Lab\KES.21.15\Patches\kes11\kes11_16\aes256\ru\; WindowsInstaller=1; Publisher=АО "Лаборатория Касперского"; UninstallString=msiexec.exe /x {27534751-4A40-48BD-B393-BC3BF28C876E}; PSChildName={27534751-4A40-48BD-B393-BC3BF28C876E}}
@{DisplayName=Kaspersky Security Center Network Agent; DisplayVersion=15.0.0.12912; Comments=; HelpLink=https://support.kaspersky.com; InstallSource=C:\WINDOWS\TEMP\KAVREM~1\7EE371~1\exec\; WindowsInstaller=1; Publisher=Kaspersky;
UninstallString=MsiExec.exe /X{BCF4CF24-88AB-45E1-A6E6-40C8278A70C5}; PSChildName={BCF4CF24-88AB-45E1-A6E6-40C8278A70C5}}
Выгребал данные по установленным продуктам командой