По идее, разницы быть не должно. В магазинах же они тоже находятся в вертикальном положении (у некоторых на упаковках даже еврослот есть, чтобы подвешивать на соответствующую полку). Да и даже про подключенные жесткие диски пишут, что проблем быть не должно (пример со ссылками на ответы производителей)...